هناك ثلاثة مسارات للتعليم الثانوي وهو أيضاً تعليم إلزامي، هي: العام، والمهني/الفني، والتعليم المهني المزدوج المتمثل في مدارس مبارك كول. وتمتد مدة الدارسة في الثانوي العام إلى 3 سنوات، بينما تصل إلى 3 – 5 سنوات في مدارس التعليم المهني الثانوية، وفي التعليم المهني المزدوج تمتد إلى 3 سنوات. وكي يلتحق التلميذ بالمرحلة الثانوية، يتعين عليه أن يجتاز الامتحانات التي تُعقد على مستوى المحافظة في نهاية المرحلة الإعدادية. وحسب التقديرات، بلغ عدد التلاميذ الذين التحقوا بالمرحلة الثانوية بعد إتمام المرحلة الإعدادية 77.3 في المائة في عام 2004. وفي هذه المرحلة يتم تقييم التلميذ في السنة الأولى بنظام التقييم المبدئي والنهائي، وبالنسبة للسنة الثانية والثالثة، يؤخذ متوسط الامتحانات التي تمت على مستوى الجمهورية للحصول على شهادة إتمام التعليم الثانوي "الثانوية العامة" وهي أحد شروط الالتحاق بالجامعة. وتُبذل إلى الآن جهود بمساندة منظمات متعددة الأطراف لجعل نظام التعليم الثانوي العام والمهني أقل صرامة، وإتاحة فرص متكافئة للتلاميذ من مختلف شرائح خميسيات الثروة (أي ما نسبته 20 في المائة) في هذين المسارين للالتحاق بالتعليم العالي. ويجري تنفيذ ذلك من خلال مشروع يقوده البنك الدولي لتطوير التعليم الثانوي.
وتتألف المرحلة الثانوية من 3 أنواع مختلفة من التعليم هي: العام أو الفني أو المهني
التعليم الثانوي/الفني/المهني: تمتد مدة هذا التعليم إلى 3 – 5 سنوات ويتضمن 3 مجالات مختلفة هي: صناعي، وتجاري، وزراعي. وتعمل الأمم المتحدة والمنظمات المتعددة الأطراف الأخرى في الوقت الراهن نحو تحسين نظام التدريب الفني والمهني في مصر. وتُقدم توصيات لوزارة التربية والتعليم لإدخال مهارات مهنية واسعة النطاق في مناهج مدارس الثانوي العام. وبهذه الطريقة، يتسنى للطلاب اكتساب مهارات عملية مطلوبة في سوق العمل [13]]. وتخضع البرامج المدرسية في مرحلة ما قبل التعليم الجامعي التي يمكن أن تبدأ بعد الصف السادس وتضم عدداً كبيراً من التلاميذ في التعليم الفني والمهني (ما يزيد على مليوني تلميذ) لإشراف ورقابة وزارة التربية والتعليم. وتقوم وزارة التعليم العالي بالإشراف والرقابة على المعاهد الفنية المتوسطة. ويلتحق بهذه المعاهد خريجو مدارس الثانوي العام أو الثانوي الفني، ويكون عدد الملتحقين بهذه المعاهد أقل بكثير. ويمكن لخريجي برامج التعليم المهني التابعة لوزارة التربية والتعليم الالتحاق بمراكز التدريب المهني. ومن خلال بيانات 2004، تشير التقديرات إلى أن 30 في المائة من التلاميذ يختارون مسار التعليم المهني قامت حكومة جمهورية مصر العربية ببعض المبادرات الواعدة لتدعيم إدارة وإصلاح نظام التعليم الفني والمهني. وفي 2006، تم إنشاء مجلس التدريب الصناعي بموجب قانون وزاري حيث يتولى هذا المجلس تحسين التنسيق والتوجيه لكافة جهات، ومشروعات، وسياسات التدريب المعنية بالوزارة. وسيؤدي ذلك إلى حسم القضية التي تواجه معظم الشركات المتمثلة في تعيين العمالة الماهرة. ووفق استطلاعات الشركات في 2007، فإن 31 في المائة من الشركات في مصر ترى أن مستوى مهارات العمالة يعتبر أحد المعوقات الكبرى للقيام بأنشطة الأعمال في البلاد
